管理部門は3拠点に所在しています。
当社の生産部門である船内・沿岸・倉庫作業を管理監督する部署として、横浜地区の本牧オペレーションセンターと東京地区の東京営業所があり、ここでは日々の作業配置・労務・安全管理等の作業遂行の全てを担っています。
また本社には総務部と車両部があり、それぞれ総務・経理・売上の管理、車両機械の調達・配備・メンテナンス管理等、全社的な視点にたった職務を行っています。